Стратегическое управление Сетью осуществляет Координационный Совет - выборный орган, куда входят люди из разных городов и стран. Оперативное управление осуществляет Международный Секретариат. В рамках МПД существуют тематические сети; методические подразделения (команды) – Команда по образованию, по исследованиям и мониторингам, по общественным коммуникациям и гражданской журналистике и т.д.; административные службы (информационная, международная, издательская, веб-служба и др.); региональные мини-сети. Все эти структуры создаются участниками и корреспондентами Сети, они же занимаются их поддержанием и развитием. Для сетевого взаимодействия и оказания помощи участникам Сети сформированы и действуют ряд структур, задачами которых являются информационная и ресурсная поддержка участников и Сети в целом.